Die Es-Dur-Messe entstand im Juni und Juli des letzten Lebensjahres Schuberts (1828). Wie viele andere seiner großen Spätwerke (z. B. die C-Dur-Sinfonie) hat Schubert sie nie gehört. Die Uraufführung fand am 4. Oktober 1829 in der Pfarrkirche „Heilige Dreifaltigkeit“ in Wien-Alsergrundstatt, in der Schuberts Freund Michael Leitermayer (1799–1867) Chorregent war. Das Dirigat hatte Ferdinand Schubert. Laut Otto Erich Deutschstudierte Leitermayer das Werk ein. Am 4. Oktober war gleichzeitig der Namenstag des Kaisers, das Fest der Minoriten-Brüder und das einjährige Bestehen des Kirchenmusik-Vereines der Pfarre. Den Verein hatte Leitermayer gegründet und in Folge entstand eine explizite Schubert-Pflege rund um die Alserkirche. Das Publikum fand großen Gefallen an der Messe und sie wurde mehrmals wiederholt, geriet danach jedoch bald in Vergessenheit.

Dem Einsatz von Johannes Brahms ist es zu verdanken, dass das Werk 1865 in Leipzig im Druck erscheinen konnte. Brahms fertigte auch selbst den für die Einstudierung des Werkes notwendigen Klavierauszug an. Dem Erstdruck folgte 1866 ein harscher, von klassizistischer Musikanschauung geprägter Verriss in der Leipziger Allgemeinen musikalischen Zeitung,^[1] der verdeutlicht, wie sehr Schubert mit dem Werk kompositorisches Neuland betrat und sich von den Konventionen seiner Zeit löste.